在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。 变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候，光太郎被神秘的太阳光线照射，其体内的帝王石亦产生了变化，光太郎也因此变

受到突如其来的怪兽袭击，地球上的人类几乎灭亡。为了人类最后的希望，由7名女性组成的TEAM·U守护着地球上最后的孩子。 与此同时，因为听到呼唤而从其它宇宙前来的赛罗奥特曼、戴拿奥特曼和高斯奥特曼成功与TEAM·U会合。而侵略地球的幕后元凶百特星人，亦把魔手伸向地球上仅存的孩子……