距今不久的未来，人类和人形机器人一同生活的时代。京都，来未在失去因为飞机事故丧生的恋人春之后便一直窝在壁橱里不出来。来未的祖父时夫拜托机器人Q01去帮助她，Q01在关怀中心荒波医生的帮助下变成了春的样子，从荒波医生和老年之家的婆婆们那里听到了关于两人之前的故事，决心努力让来未振作归复到原

知名建筑设计师森谷帝二这日邀请新一参加在他府上举办的茶会，柯南只得电话拜托小兰。柯南、小兰及毛利小五郎三人未入森府，已被绝对对称的宏伟建筑吸引。衣香鬓影的茶会上，森谷帝二令人诧异地大声攻击年轻设计师，讲建筑的美学准则要被他们破坏殆尽。柯南在规定时间内将他出给众宾客的难题破解，被获准和小兰一起参观陈有

和人类社会并行存在一个精灵的世界，那里的水精灵一百年产一次卵，新孵化的卵化身为精灵继续庇护人类社会的繁衍生息。这一次第二皇子查克姆被选为水之精灵守护人，担负起精灵和人类的双重命运。然而由于人类社会的传史错误，查克姆被视为不祥之物的附身，遭到皇族的秘密追杀。女保镖巴鲁萨成为他的监护人，带着皇子在民间谋

小新在河边无意间捡到一颗弹珠，看它很闪亮于是就捡回家里。没想到却被小葵吞进肚子里。这下糟了，原来这颗弹珠是珠由良族与珠黄泉族在争夺的魔人贾克的珠珠，珠黄泉族的首领玉王想要利用贾克的魔力征服世界。就这样，小新一家人卷入两族人的争夺战中，小葵被玉王绑架走了，大家为了保护小葵，费尽心力…最后平安的救出小葵