科学家本（Zach Galifianakis 饰）隶属于美国政府某个秘密部门，它通过高科技手段训练豚鼠说话与思考，并将它们培养成特工人员。然而，本的部门却面临被FBI关闭的局面，为了证明他和豚鼠特工的能力，本向豚鼠特工队的负责鼠达尔文（山姆·洛克威尔 Sam Rockwell 配音）下令，要它们潜入

莱昂内尔·弗罗斯特爵士(休叔)认为自己是世界上最杰出的神话和怪物调查员，为了获得探险精英的认可，他前往美国西北太平洋地区以证明一种传说中生物Mr. Link(扎克)的存在，这是原始人类和现代人类之间缺失的一环。随后弗罗斯特、Link和探险家Adelina Fortnight(佐伊)踏上了寻找Link